EV3RTパッケージ β6以降、ワークスペースの場所やビルドコマンドが変更になりました。
なお、2016/03/23現在、β6-2が最新です。
EV3RTパッケージのダウンロードはこちら
http://dev.toppers.jp/trac_user/ev3pf/wiki/Download#ダウンロード

主な変更点は以下のとおりです。

◆変更点1
ワークスペースが以下のように変更になりました。
　β5-2以前： /hrp2/workspace
　β6以降： /hrp2/sdk/workspace

◆変更点2
ビルドコマンドが変更になりました。
ダイナミックローダで実行する場合）
　β5-2以前： make mod=(プログラムディレクトリ名)
　β6以降： make app=(プログラムディレクトリ名)
スタンドアローンで実行する場合）
　β5-2以前： make app=(プログラムディレクトリ名)
　β6以降： make img=(プログラムディレクトリ名)

◆変更点3
USBケーブルでEV3を接続し、アプリケーションをコピーできるようになりました。
microSDHCカード（ダイナミックローダ）を挿入して起動したEV3をUSBケーブルでPCに接続すると、microSHDCカードにファイルを書き込むことができます。
appディレクトリを開き、アプリケーションをコピーします。
コピー後は、必ずタスクバーのメニューから取り外してください。

※「教育版EV3 C言語 プログラミングガイド《改訂版》」・「実習-教育版EV3・C言語教師用授業ガイド《改訂版》」をお持ちの場合は、ガイドに記載されているサンプルプログラムのダウンロードページから、さらに詳しい情報をご確認いただけます。